Sword Art Online II el anime está basado en una serie de novelas ligeras escritas por Reki Kawahara.1​2​ La historia se desarrolla en tres partes: la temporada Phantom Bullet empieza en el año 2025, cuando un videojuego de rol multijugador masivo en línea de realidad virtual —VRMMORPG, por sus siglas en inglés— llamado «Gun Gale Online» acaba de lanzar su tercer torneo de «Bullet of Bullets». Ahí, los jugadores pueden controlar sus avatares tal como lo harían con sus cuerpos reales por medio del NerveGear y AmuSphere, dos cascos de realidad virtual capaces de estimular sus cinco sentidos a través de sus cerebros. Sin embargo, los jugadores se dan cuenta de que Death Gun apareció al videojuego; así, el mismo les informa que si él mismo mata a los jugadores en el mundo virtual también lo harán en el mundo real. A medida que los jugadores tratan de hacer frente a su situación, dos de ellos, Kirito y Sinon, están decididos a ganar la competencia. Eso complica a Asuna y su hija Yui desde otro juego VRMMO llamado «ALfheim Online» (ALO). Los capítulos 15 al 17, el escenario cambia a Calibur, en ALO, que Sugu le informa a su hermano que se encontró la espada sagrada Excalibur y que podría ocurrir un ragnarok si no se obtiene a tiempo. Desde el capítulo 18, el escenario cambia a Mother’s Rosario, en donde una antigua jugadora que no forma parte de Aincrad llamada Yuuki Kono sufre de sida y no le queda mucho tiempo para vivir, por eso Yuuki debe recurrir a Asuna para vivir sus últimos momentos.