La serie sirve como una conclusión a la historia de Hope’s Peak Academy, la escuela de élite donde la desesperación del nivel de la escuela secundaria superior, Junko Enoshima, jugó como anfitriona de una «vida de matanza escolar» entre sus estudiantes bajo el disfraz del malvado oso Monokuma. La historia se divide en dos capítulos: Capítulo de futuro y Capítulo de desesperación .

El Capítulo futuro se lleva a cabo después de los eventos de Danganronpa 2: Adiós desesperación. Makoto Naegi, la Super Esperanza a nivel de escuela secundaria que derrotó a la Desesperación a nivel de escuela Super High, Junko Enoshima, está bajo sospecha de traición contra la Fundación Futura por albergar a los Remanentes de la Desesperación que siguieron su voluntad. Como miembros principales de la Future Foundation, incluidos los antiguos compañeros de clase de Makoto, Kyoko Kirigiri, Aoi Asahina y Yasuhiro Hagakure, se reúnen para decidir sobre el castigo de Makoto, todos están encarcelados por Monokuma, el avatar del oso de Junko, quien se creía que estaba muerto . Monokuma obliga a todos a participar en un juego final de matanza, en el que deben tratar de determinar un traidor entre sus filas que los matará mientras duermen, mientras tratan de evitar ser envenenados por acciones prohibidas personalizadas. Empuje en un juego donde nadie puede confiar el uno en el otro, Makoto ‘

El Capítulo de la desesperación se lleva a cabo antes de los eventos de Danganronpa: Trigger Happy Havoc . Chisa Yukizome comienza su trabajo como maestra de aula para la 77a clase de estudiantes de nivel Super High School secundaria de Hope’s Peak Academy. Mientras tanto, Hajime Hinata, un estudiante del Curso de Reserva para estudiantes sin talento, se prepara para someterse a un experimento para convertirlo en la Super Esperanza de nivel de escuela secundaria. Lo que sigue es una serie de eventos trágicos que llevaron al nacimiento de los Remanentes de la Desesperación y la realización del «Evento más grande, más horrible, más trágico de la historia humana». (También conocida como La tragedia)