Naota Nandaba es una estudiante ordinaria de sexto grado que vive en una ciudad donde nunca parece pasar nada increíble. Después de que su hermano Tasuku deja la ciudad para jugar béisbol en Estados Unidos, Naota se encarga de cuidar todo lo que Tasuku dejó atrás, desde su litera superior hasta su ex novia Mamimi Samejima, que no ha dejado de aferrarse a Naota desde que Tasuku se fue.

Sin embargo, Naota sabe poco que su existencia mundana está a punto de cambiarse para siempre: entra En Haruko Haruhara, un psicópata de pelo rosa con empuñadura de guitarra Vespa, con pelo rosa cuya primera encuentro con Naota le deja con huellas de neumáticos en la espalda y una bocina gigante en la cabeza. Aunque todo lo que quiere es algo de paz y tranquilidad, cuando Haruko se residencia en la casa de sus padres, Naota se encuentra arrastrado al corazón de la mayor batalla por la supremacía que la Tierra — y muy posiblemente todo el universo — ha visto jamás.Título: FLCL