Hitomi Kanzaki es solo una colegiala normal de 15 años interesada en las cartas del tarot y la adivinación, pero una noche, un niño llamado Van Fanel aparece repentinamente del cielo junto con un dragón feroz. Gracias a una premonición de Hitomi, Van mata con éxito al dragón, pero aparece una columna de luz que los envuelve a ambos. Como resultado, Hitomi se ve transportada al mundo de Gaea, una tierra misteriosa donde la Tierra cuelga del cielo.En esta nueva tierra, Hitomi pronto descubre que Van es un príncipe del Reino de Fanelia, que pronto cae bajo el ataque del malvado imperio de Zaibach. En un intento por luchar contra ellos, Van aborda el antiguo Guymelef Escaflowne de su familia, un traje de batalla mecanizado, pero no logra derrotarlos y Fanelia termina destruida. Ahora huyendo, Hitomi y Van se encuentran con un apuesto caballero asturiano llamado Allen Schezar, a quien Hitomi se sorprende al descubrir que se parece exactamente a la persona que le gusta en la Tierra. Con algunos nuevos aliados de su lado, Van y Hitomi luchan contra las fuerzas de Zaibach mientras el imperio se esfuerza por revivir un antiguo poder.