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El descubrimiento de una hiperpuerta en la Luna permitió una vez a la raza humana teletransportarse a Marte. Los que decidieron establecerse allí descubrieron una tecnología mucho más avanzada que la de su planeta natal, a la que llamaron «Aldnoah». Este descubrimiento llevó a la fundación del Imperio Vers de Marte y a una declaración de guerra contra los «terran», los que se quedaron en la Tierra. Sin embargo, una batalla en la luna -llamada posteriormente «Caída del Cielo»- provocó la explosión de la hiperpuerta, destruyendo la luna y llevando a los dos planetas a establecer un incómodo alto el fuego.

Sin embargo, su paz era frágil. Quince años después, la estudiante de secundaria Inaho Kaizuka es testigo del asesinato planeado de la princesa Asseylum Vers Allusia del Imperio Vers, que había venido a la Tierra con la esperanza de reparar la relación entre el imperio y su patria. El alto el fuego se rompe y los marcianos vuelven a declarar la guerra a los terrícolas. Ante este enemigo insuperable, Inaho y sus amigos deben luchar ahora contra el Imperio Vers para resolver la guerra de una vez por todas.