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En el año 1999, un enorme acorazado extraterrestre se estrelló en la Tierra, poniendo a la raza humana en contacto con tecnología muy avanzada. La miopía humana y la codicia por ser los únicos en poseer esta tecnología llevaron a la guerra entre la ONU y la Anti-ONU Ocho años han pasado desde entonces, matando a tantos pilotos veteranos que incluso chicos adolescentes tuvieron que ser reclutados para luchar en la guerra.

Kudou Shin , un joven piloto de F-14 de la ONU es derribado por un avión de combate enemigo desconocido durante una salida y se estrella en una isla solitaria.

Casualmente, se detecta una oleada de energía inusual en esta isla. Ambos lados del conflicto sospechan que la oleada se originó a partir de restos de la tecnología avanzada de la Protocultura , dejados por seres extraterrestres en tiempos antiguos. Resulta que este legado tecnológico es muy similar al acorazado extraterrestre caído recuperado que se estrelló hace ocho años.

Ahora, tanto la ONU como la Anti-ONU luchan por ser los primeros en recuperar la tecnología de origen extraterrestre invadiendo la isla… trayendo muerte y destrucción a los pacíficos isleños.