El 14 de mayo, Meiji 11, uno de los Tres Grandes Nobles de la Restauración, Toshimichi Okubo, fue asesinado. El asesinato fue orquestado por Makoto Shishio, sucesor de Hitokiri Battosai, quien conspiraba para derrocar al gobierno Meiji. Tras dejar atrás a sus amigos, Kenshin parte hacia Kioto para detener a Shishio y sus siniestros planes.