Samurai Jack cuenta la historia de un joven príncipe cuyo imperio ha sido destruido por un demonio caído de los cielos llamado Aku. Jack consigue huir de la destrucción y dedica el resto de su vida a entrenarse para poder recuperar su reino y derrotar Aku, vengando así la muerte de todo su pueblo. Portando una katana mágica que pertenecía a su padre, desafía a Aku a un duelo y cuando está a punto de vencer, el demonio abre un portal al futuro y envía allí al samurái.

Así, el protagonista llega a una tierra futurista dominada por Aku y sus secuaces. En su primer enfrentamiento consigue en nombre de “Jack”, y aunque realmente él no se llama así, permite que los demás lo crean. Lucha tras lucha y batalla tras batalla, Jack comienza a recorrer el mundo ayudando a todos los que lo necesitan mientras busca la forma de vencer de nuevo al peligroso demonio que gobierna la tierra.