En primer lugar cabe resaltar que la Tierra ha sido destruida;

Después de haber destruido la Tierra hace muchos años, la raza alienígena Gauna ha estado persiguiendo a los restos de la humanidad, que, habiendo escapado por poco, huyeron a través de la galaxia en una serie de gigantes barcos de semillas.

Como resultado, en el año 3394, Nagate Tanikaze emerge de su retiro de toda la vida en las profundidades del barco de semillas Sidonia en busca de comida en los niveles superiores, solo para verse arrastrado a eventos que se desarrollan sin su conocimiento.

Cuando los Gauna comienzan su asalto a Sidonia, le corresponde a Tanikaze -con la ayuda de sus compañeros soldados y amigos Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose y Yuhata Midorikawa- defender la última esperanza de supervivencia de la humanidad y vencer a sus enemigos alienígenas. Sidonia no Kishi sigue a Tanikaze mientras descubre el mundo que ha estado sobre él toda su vida, y se convierte en el héroe que Sidonia necesita.