La historia se inicia en el planeta Zi, un planeta habitado por grandes compañeros mecánicos conocidos como “Zoids” que han sido modificados por los humanos para ser utilizados como armas de guerra. En este planeta, dos naciones que antiguamente se encontraban enemistadas, la República de Helic y el Imperio de Guylos, se encuentran a comienzos de una nueva guerra, luego de ser descubierta una antigua tecnología que puede favorecer a ambos ejércitos.