Varios años después del final de Bubblegum Crisis, las cosas se han calmado, o eso parece. Sylia ha desaparecido, Priss ha tropezado de un gerente a otro, Nene todavía está trabajando con la Policía de AD y tratando de mantener vivo el ideal de Knight Saber, y Linna se ha mudado al mercado de valores y lo está haciendo bastante bien. Las cosas están tranquilas, hasta que un grupo de mercenarios que se hacen llamar el Ejército Ilegal comienza a atacar a las empresas de alta tecnología, robando piezas raras. Sylia regresa con nuevo hardware para reformar los Knight Sabers, pero ¿podrán enfrentarse al Ejército Ilegal y a quien esté detrás de ellos?