Magic Knight Rayearth cuenta la historia de tres chicas adolescentes de secundaria que son invocadas al planeta Céfiro para cumplir una leyenda que cambiaría el destino de ese mundo. En Japón, en la Torre de Tokyo repentinamente, ante tres chicas que no se conocen, Lucy, Marina y Anaís aparece una luz que las ciega y las transporta al planeta Céfiro, ahi conocen al hechicero Guru Clef, quien les dice que son las legendarias Guerreras Mágicas, convocadas por la Princesa Esmeralda, con la misión de rescatarla y que fue secuestrada por Zagato, su sumo sacerdote. Las tres chicas inician así su aventura para conseguir a los Genios Mágicos y finalmente poder regresar a Tokyo.