Este es un mundo donde existen tanto hombres como monstruos. Los que cazan los monstruos se llaman cazadores. Pero en un pequeño rincón del mundo de los Cazadores, hay aquellos llamados Jinetes que se unen y coexisten con monstruos.

Con sus Kizuna Ishi (Piedras de unión) que les permiten despertar el poder oculto dentro de los monstruos, los Jinetes viven en secreto junto con sus Otomon, los monstruos con los que formaron una conexión.

Ryuto, un joven que vive en el pueblo Rider de Hakum, sueña con convertirse en el mejor Jinete del mundo. Después de cumplir 12 años, se propone encontrar a su propio Otomon para sí mismo antes de la ceremonia donde se le entrega su propio Kizuna Ishi. Junto con su amable amigo de la infancia Cheval, su inquisitiva amiga de la infancia Lilia y su compañera Naville, se adentra en el bosque y tiene un encuentro milagroso con un Rathalos.