La historia se centra en Keiichi Morisato, en un inicio estudiante universitario, aficionado a las motocicletas. Un día, Keiichi llama accidentalmente a una «línea de ayuda técnica de las diosas» — En los OVAs intentaba encargar comida a domicilio, mientras que en el manga y la serie de anime estaba dejando un recado — y la hermosa diosa Belldandy aparece a través del espejo, ofreciéndole un deseo. Como el no entiende que está sucediendo, Keiichi desea que Belldandy (a la que encuentra muy atractiva) permanezca con él para siempre, y su deseo es inmediatamente concedido. Como consecuencia, Keiichi quien vivía en un exclusivo dormitorio para hombres de la universidad, es expulsado del inmueble y se ve forzado a buscar un nuevo hogar, el cual consigue en un templo budista que fuera abandonado luego de que el monje que vivía allí se fuera a la India a peregrinar.

Esto se complica aún más cuando las hermanas de Belldandy, Urd y Skuld, se mudan con ellos, trayéndoles muchísimos más problemas.

Las tres diosas están basadas en las normas de la mitología nórdica Urd, Verdandi/Verthandi y Skuld, que representan el pasado, el presente y el futuro. Dichas nornas, viven en uno de los pozos que alimentan al Yggdrasil, y lo protegen. Las diosas del manga acceden a un sistema informático con el mismo nombre como analogía del árbol Yggdrasil que sostiene a todos los mundos, un fresno.

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