Yugi Muto, un estudiante normal de secundaria, tenía como única amiga a Anzu. Yūgi había recibido por parte de su abuelo Sugoroku Motō un antiguo artefacto egipcio conocido como el Rompecabezas del Milenio/Puzzle Milenario, uno de los siete Objetos Milenarios, que había encontrado en una de sus expediciones arqueológicas. El Puzzle/Rompecabezas se encontraba dentro de una caja de oro y en múltiples piezas. Después de ocho largos años, a punto de completar tan difícil rompecabezas, lee una pequeña inscripción que poseía el mismo, la cual decía que quien completara ese rompecabezas se le podía conceder un deseo. Yūgi desea «tener amigos», pero a pocos instantes de colocarla, Jōnouchi y Hiroto roban la pieza. Yūgi se la pide, pero estos se niegan. Más tarde le devuelven la pieza a Yūgi. Una vez que lo había armado tiene como fieles amigos a Jōnouchi y Hiroto. Luego Yūgi es poseído por otra personalidad, que más tarde se descubre que es un espíritu de más de cinco mil años de edad, al cual conocen por el nombre de Yami. (¿Se recupera Yugi ?). La historia continuará mientras que Yūgi y sus amigos se enfrentan a varios contrincantes, para tratar de encontrar las cartas de los Dioses Egipcios, ya que por medio de estas se podrán recuperar los recuerdos perdidos del faraón Atem (la verdadera identidad de Yami) a través de los Duelos de Monstruos que se reflejan en los Juegos de las Sombras (pese a que este concepto no estaba presente del todo en la versión original).