La historia se centra en un niño llamado Chakuro, que vive en una isla gigante llamada Ballena de Barro (Mud Whale) que se desplaza sobre el mar de arena. En la Mud Whale, la sociedad se divide en dos tipos de personas: los marcados, que pueden mover objetos con sus mentes utilizando un extraño poder llamado «timia», a expensas de acortar sus vidas; y los no marcados, las personas que carecen de timia pero disfrutan vida útil más larga. Chakuro y sus amigos nunca han visto a nadie del mundo exterior, y pasan sus días anhelando explorar y aprender sobre él. En el año 93 del exilio de la embarcación, la Mud Whale se encuentra con una isla solitaria donde Chakuro encuentra a una chica llamada Lykos, comenzando una aventura que cambia la vida de todos